二碳酸二叔丁酯在有機合成領域雖應用普遍，但存在一定局限性。

 一，其成本相對偏高，這在大規模工業生產中，可能會限制其廣泛使用。

 二，在部分反應條件下，二碳酸二叔丁酯穩定性欠佳，易發生分解，進而對反應的選擇性及產率產生影響。

 三，針對某些特定官能團，它或許無法達成理想的保護成效。比如在強親核試劑存在的環境里，其保護作用可能面臨挑戰。

 不過，借助合理規劃實驗及優化反應條件，在一定程度上可克服這些局限，使二碳酸二叔丁酯在有機合成中發揮作用。