過氧化苯甲酸叔丁酯的安全性需引起重視。

 燃爆風險方面，它歸為第5.2類有機過氧化物，具有易燃特性。一旦受到撞擊、摩擦或接觸明火等點火源，極易發生爆炸。在干燥狀態下，震動和撞擊也可能引發爆炸。同時，與還原劑、有機物、易燃物、酸類或胺類物品接觸會產生劇烈反應，有燃燒爆炸危險。

 健康危害上，雖無毒，但對皮膚有刺激性，其蒸氣或霧對眼睛、粘膜和上呼吸道也有刺激作用。吸入、攝入或經皮吸收后對人體有害。

 在使用和儲存時，須嚴格遵循安全規定，遠離火種和熱源，避免陽光直射，倉庫溫度不宜超過30℃。要與還原劑、堿類分開存放，切不可混儲，且需配備相應種類和數量的消防器材，以確保安全。